开始入门¶
欢迎来到 GeoBiologics，这是我们为生物学研发量身定制的计算平台。本指南将引导您掌握我们平台的基本使用方法，助您开启属于您的抗体发现之旅。
我们将一步步为您介绍本平台的基础知识。您将学习如何创建账户、启动项目、提交任务以及查看任务结果。让我们开始这段探索和创新的旅程吧！
创建账户¶
申请试用 GeoBiologics 的过程非常简单。按照如下操作，您将在几分钟内完成申请。 以下是申请试用的详细步骤（如果您熟悉此过程或已有账号，您可以跳过本章节）：
| 操作指南 | 用户界面 | |
|---|---|---|
| 1 | 进入申请界面 您可以进入 GeoBiologics 的首页，点击“Apply for a trial（申请试用）”按钮开始您的申请。 |
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| 2 | 输入必要信息 您需要在试用表中填写必要的个人信息，包括您的姓名、机构、职位、邮箱和手机号码。别担心，我们会妥善保管您的信息。我们还会收集您的期待、需求等信息。 *注意：我们将在收到您的申请后三天内与您联系。 |
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开始您的第一个项目¶
一旦您登录成功，您将被重定向到仪表板的项目页面。您可以按下 
按钮并且输入项目名称来创建一个新的项目。
提交您的第一个任务¶
当您创建了第一个项目后，点击项目卡片进入项目编辑器。现在您已准备好提交您的第一个任务！ 请将鼠标悬停在顶部导航栏的“结构建模”标签上，在弹出的下拉菜单中，点击“蛋白质结构预测”来打开任务提交表单。
当您打开了任务提交表单，在输入框中输入一个蛋白质序列（例如下面的 PETase 序列），然后点击
，就完成了您的第一个任务提交！
MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRGPNPTAASLEASAGPFTVRSFTVSRPSGYGAGTVYYPTNAGGTVGAI
AIVPGYTARQSSIKWWGPRLASHGFVVITIDTNSTLDQPSSRSSQQMAALRQVASLNGTSSSPIYGKVD
TARMGVMGWSMGGGGSLISAANNPSLKAAAPQAPWDSSTNFSSVTVPTLIFACENDSIAPVNSSALPIY
DSMSRNAKQFLEINGGSHSCANSGNSNQALIGKKGVAWMKRFMDNDTRYSTFACENPNSTRVSDFRTAN
CSLEDPAANKARKEAELAAATAEQ
从您的本地设备上传蛋白质序列
除了在输入框中输入输入序列外，您还可以从您的本地设备上传包含输入序列的 FASTA 文件。要执行此操作，请在任务提交表单的右上方按下“
”按钮，然后选择要上传的 FASTA 文件。文件将自动解析并显示在表单中。
提示：您也可以直接复制合法的 FASTA 序列，然后粘贴到输入框中。
查看任务结果¶
当您成功创建任务后，文件与任务管理器将添加一个新的任务条目。该条目将显示一个旋转图标(
)，直到任务完成（成功或失败）。
您可以点击任务条目以查看其状态和结果。您将看到一个任务结果面板。如下图所示，任务结果面板包含任务信息、输入、参数以及结果表格，其中每一行对应一个输入序列。
查看预测的结构¶
如果您想在 GeoBiologics 的 Mol* 查看器中查看预测的蛋白质结构，请点击任务条目下的文件。这些文件是蛋白质结构预测任务的输出文件。
默认状态下，预测的结构根据预测的 lDDT (local Distance Difference Test) 上色，配色方案与 AlphaFold2 使用的方案相同。plDDT 分数越高，模型对其预测越有信心。
我在多大程度上能相信模型预测的结果？
本条目改编自 EMBL-EBI AlphaFold 数据库 FAQ。注意，GeoBiologics 内置的由百奥几何训练的结构预测模型也适用下列准则。
- plDDT > 90: 模型对预测结果非常有信心。
- 70 < plDDT < 90: 模型对预测结果有很大的信心。
- 50 < plDDT < 70: 模型对预测结果有一定的信心。
- plDDT < 50: 模型对预测结果的信心较低。对于研究较多的蛋白质，这在一定程度上是的蛋白结构无序（disorder）的指标。
- 具有许多残基间相互作用的结构域一般比长 linker 或孤立的长螺旋更可靠。
- 不合理的键长和碰撞通常不会出现在可信区域。任何具有多个上述缺陷的结构部分应该被忽略。
使用鼠标来控制 Mol* 查看器
- 旋转：点击鼠标左键并移动。或者，使用 Shift 键 + 鼠标左键并拖动以旋转画布。
- 平移：点击鼠标右键并移动。或者，使用 Ctrl 键 + 鼠标左键并移动。在触摸屏设备上，使用两个手指拖动。
- 缩放：使用鼠标滚轮。在触摸板上，使用两个手指拖动。在触摸屏设备上，用两个手指捏合。
- 居中和缩放：使用鼠标右键点击您希望聚焦的结构部分。
- 剖切：使用 Shift 键 + 鼠标滚轮来更改剖切平面。在触摸板上，使用 Shift 键 + 两个手指拖动。
- 高亮：将鼠标悬停在结构查看器中显示的3D结构的任何部分上，无需点击，它将根据当前的选择粒度将其高亮显示（以洋红色着色）。此外，在 Mol* 查看器的右下角，列出了所突出显示的结构部分的 PDB ID、模型编号、实例、链 ID、残基编号和链名的信息。
- 聚焦：在默认模式下，单击 3D 对象以聚焦。聚焦的对象及其周围将以球棒表示显示。所有局部非共价相互作用将被显示出来。要隐藏周围环境，请再次单击目标残基。要取消聚焦，请单击结构查看器的背景中的任何点。
要关闭文件，请在“对象（Objects）”组件中按下“
”按钮。
下一步¶
恭喜！您已成功提交了您的第一个任务并在 GeoBiologics 的 Mol* 查看器中查看了结果。现在，您已经准备好探索 GeoBiologics 的全部潜力。以下是一些进一步阅读的建议：