人源性预测¶
人源性预测是预测输入抗体序列与人源抗体序列的相似程度的任务。
功能亮点¶
- 指标精确：基于 OAS（Observed Antibody Space）上人源抗体序列大数据，人源性预测高效、准确。
- 界面美观：主要结果清晰易读，种系序列可直观对比，风险位点一目了然。
- 批量预测：支持一个任务提交多条序列到云端批量预测，效率更高、成本更低。
输入¶
要提交一个人源性预测任务, 请打开项目编辑器并从“Characterization”（性质预测）下拉菜单中选择“Humanness Prediction”（人源性预测）。
- Antibodies（抗体）：一个用 FASTA 格式表示的抗体序列的列表。您可以在输入框中输入序列，也可以上传 FASTA 文件 (点击 "
" 按钮)。 每个抗体将独立进行预测。- Chain type（链类型）：您可以在 Antibodies 标题的右侧选择抗体的链类型，选项有是“VH”、“VL”或“VH+VL”（默认）。如果您想预测纳米抗体的人源性，请选择“VH”。
- Antibody Name（抗体名称）：抗体的名称。默认为“Antibody”。要更改名称，请将鼠标悬停在抗体名称上，然后点击 "
" 按钮。 - Sequence（序列）：抗体的序列。每条链的序列长度不得超过 200 个氨基酸。
- (上传序列): 点击 "" 按钮并选择一个 .FASTA 文件上传您自己的抗体。当 Chain type（链类型）为“VH+VL”时，每个抗体必须有两条链，FASTA 标签具有相同的前缀且分别以 "_H" 和 "_L" 结尾。参见以上示例。
- Job Name（任务名称）：任务的名称。请注意，任务名称必须在项目内唯一。
模型 & 参数¶
您可使用我们自研的人源性预测模型 GeoHumAb 来运行本任务。该模型的参数如下。
- scheme（编号方案）：抗体编号方案。可选“Kabat”、“IMGT”、“Chothia”或“AHo”。
- CDR def.（CDR 定义）：用于定义 CDR 区域的编号方案。可选“Kabat”、“IMGT”、“Chothia”、“North”。默认情况下该参数的值与 scheme（编号方案）相同。当
scheme = AHo时，此参数为必填项。
结果¶
结果小结¶
结果小结存储在 CSV 文件中，可以通过点击结果表格右上角的"
"按钮下载。
结果表格包含以下列：
- Name（名称）：抗体名称，与输入中 FASTA 标签的前缀相同。
- Humanness（人源性）：抗体的人源性评分，由抗体中的 9-肽片段在 OAS 数据库人源实验中的平均出现频率决定。得分越高，抗体人源性越好。
- Percentile（百分位）：人源性评分在 OAS 数据库中所有抗体中的百分位。得分越高，抗体人源性越好。
- Germline content（种系成分）：抗体的种系成分，即抗体与最近的人源轻重链种系序列的序列相似性。
在最右边的列中，您可以点击"Detail"（细节）按钮查看某个抗体人源性的详细结果。
结果详情¶
结果详情页分为 3 个区域：Summary（结果小结）、Germline Comparison（种系比较）和Detailed View（详细视图）。如果输入的链类型为“VH+VL”，种系比较和详细视图区域将分别显示重链和轻链的结果。您可以使用小结部分下方的"
"链切换器在两条链之间切换。
结果详情的原始数据存储在一个 CSV 文件中。您可以通过点击详情视图区域右上角的""按钮下载。
结果小结¶
结果小结区域显示了任务所用的模型和用于计算人源性的编号方案。它还显示了抗体的人源性评分、百分位和种系成分（如果抗体包含轻重链，显示的值为重链和轻链的平均值）。
序列查看器¶
序列查看器中，对齐显示了抗体链及与其最接近的五条人源种系序列。种系序列的名称显示在右侧，与目标序列相同的种系残基以蓝色高亮显示。
目标序列中种系频率低于 1% 的氨基酸以红色三角形标记，处于高风险肽段中的氨基酸以红色高亮显示。氨基酸属于越多高风险肽段，其红色越深。
CDR 区域的氨基酸残基以深灰色下划线进行了标记。该区域由于 VD(J) 重排和体细胞超突变，可变性较高，因而红色通常较深，但不代表该区域一定存在免疫原性风险。
如果您使用 Kabat 进行 CDR 定义，则 Vernier 区域的氨基酸残基会以浅灰色下划线进行标记。
名词解释
- 种系频率：OAS 数据库相应人源种系中给定位置的氨基酸频率。频率越高，该氨基酸越可能是种系中的氨基酸。
- 高风险肽段：如果一个 9-肽片段在 OAS 数据库人源实验中出现的频率低于 10%，则该片段被认为是高风险肽段。
详情视图¶
详情视图区域以表格形式显示抗体链中每个位置的详细指标。表格包含以下列：
- Region（区域）：该位置所属的抗体区域，值可能为 FR1-4 或 CDR1-3。区域的计算方法由 CDR 定义决定。如果 CDR 定义设置为 Kabat，则还会标出 Vernier 区域。
- Pos（位置）：按照指定方案编号后的抗体链中的位置编号，格式为“{链类型}{氨基酸编号}{插入码}”，例如“H100A”。
- Seq（序列）：抗体链上该位置的氨基酸类型。氨基酸按照指定的颜色方案进行着色。您可以使用右上角的"
"颜色方案选择器更改颜色方案。 - LM Score（语言模型分数）：该位点的语言模型分数。分数越高，语言模型认为该氨基酸在当前上下文中出现的概率最高。
- Resi Freq（种系频率）：OAS 数据库相应人源种系中给定位置的氨基酸频率。频率越高，该氨基酸越可能是种系中的氨基酸。
- Peptides（肽段）：以该氨基酸为起始氨基酸的 9-肽片段。如果相应的“Peptide Freq”低于 10%，则该片段以红色显示，被认为是高风险肽段。
- Peptide Freq（肽段频率）：该 9-肽片段在 OAS 人源实验中出现的频率。