抗体结构预测¶
抗体结构预测是指预测抗体可变区域（FV，包括 VH 和 VL）结构的过程。这一预测是抗体设计和优化的关键环节，因为它为抗体-抗原对接和结合亲和力预测/优化等后续任务提供了基本的结构信息。
任务难点¶
抗体的 CDR 区域（互补决定区）在序列和结构上都具有很高的变异性，这是因为 VDJ 重组和体细胞超突变所致。对于这些区域的建模，多序列比对（MSA）并没有太大帮助
功能亮点¶
- 先进算法: GeoAbFold采用最新的几何深度学习技术，表现出色，在所有 FV 区域的平均 RMSD（均方根偏差）上优于 OmegaFold 和 AlphaFold2。
- 云端批量处理: 支持在云平台上进行多序列的批量预测和松弛操作。
- 图形界面: 无需配置环境或使用命令行。仅需点击即可开始操作！预测结构可以轻松在结构查看器中进行可视化，其中 b-factor 表示预测的可信度。
输入¶
要提交抗体结构预测任务，请打开项目编辑器 并从"结构建模"下拉菜单中选择"抗体结构预测"。
- Antibody（抗体）: 输入抗体的列表。您可以在输入框中输入序列，也可以上传 FASTA 文件 (点击 "
" 按钮)。 每个抗体将独立进行预测。- Antibody Name（抗体名称）: 抗体的名称。默认为“Antibody”。要更改名称，请将鼠标悬停在抗体名称上，然后点击 "
" 按钮. - Sequence（序列）: 抗体的序列。
- (上传序列): 点击 "" 按钮上传您自己的抗体（一个 .FASTA 文件）。每个抗体必须有两个链，重链和轻链的FASTA 标签必须具有相同的前缀且分别以 "_H" 和 "_L" 结尾。参见以上示例。
- Antibody Name（抗体名称）: 抗体的名称。默认为“Antibody”。要更改名称，请将鼠标悬停在抗体名称上，然后点击 "
- Job Name（任务名称）: 任务的名称。请注意，任务名称必须在项目内唯一。
模型 & 参数¶
您可以使用我们自研的 GeoAbFold 模型来运行本任务。该模型的参数如下：
- # cycles（循环次数）: 运行的循环次数（0 - 3）。默认为 3。
- Relax structure（松弛结构）: 是否使用Amber对模型生成的蛋白质进行松弛（默认为 false）。
- seed（随机种子）: 结构初始化的随机种子（默认为一个随机整数）。
结果¶
在文件与任务管理器面板中点击任务结果，查看任务结果。
结果存储在 CSV 文件中，可以通过点击结果表格右上角的"
"按钮下载。
结果表格包含以下列：
- name（名称）: 与输入相同的 FASTA 标签。
- sequence（序列）: 连接的 FASTA 序列。
- plddt: 为生成的抗体预测 lDDT（局部距离差异测试）评分。数值越高则效果越好。 每个残基的 lDDT 评分存储在输出 .pdb 文件的 b-factor 中。您可以通过将 Cartoon 表示法（Polymer 组件）的颜色主题更改为"原子属性>不确定性/无序"来查看它们。
在最右边的列中，您可以点击 "
" 按钮查看设计的抗体结构。
如果您启用了"松弛"选项，您会在下拉菜单中找到两个文件：一个用于非松弛结构，一个用于松弛结构。