界面展示¶
界面展示（Interface Visualization）功能用于详细展示输入的抗体和抗原间的结合界面的每个结合点的结合方式、对应链、对应氨基酸。
输入和参数¶
使用该功能，请打开项目编辑器并从“Utils”（功能）下拉菜单中选择“Interface Visualization”（界面展示）。则会出现以下的界面展示任务提交表单。
在这里您可以选择您想要查看哪两个实体（Entity）之间的结合界面。
- 首先点击“Select from Project”从项目中选择一个结构文件。您也可以点击“Select from Viewer”从您当前打开的结构中选择一个。
- 随后，您需要指定结合界面的两个实体。例如，您想探究 PDB 7sbu 中抗原和抗体的结合界面，那么您需要选择 HL 链（抗体）作为一个实体，A 链（抗原）作为另一个实体。为方便您选择结构中的链，下拉菜单中会标记该结构中的所有抗体重链、抗体轻链、TCR α-链、TCR β-链（如图）。
在任务表单下方您可单击”Show Parameters“调整任务的下列参数： - CDR def.（CDR 定义）：用于定义 CDR 区域的编号方案。可以是“Kabat”、“IMGT”、“Chothia”或“North”。
界面展示结果¶
提交任务后，您选中的结构将在提交后立即在Mol* 查看器中打开并可视化，同时屏幕右侧将出现 Interface Viewer 页面，列出结合界面上具体的氨基酸相互作用列表。
信息卡片有以下的功能：
- 每个信息卡片代表一个结合位点，左右信息为结合位点在两条链上的位置与具体氨基酸，中间的信息为相互作用类型
-
卡片的不同颜色代表了不同的相互作用类型，以利于区分
- Hydrophobic Contact（疏水接触）为灰色
- Hydrogen Bond（氢键）为蓝色
- Weak Hydrogen Bond（弱氢键）为蓝灰色
- Ionic Interaction（离子相互作用）为青色
- Cation Pi Interaction（阳离子-π相互作用）为橙色
- Pi Stacking（π-π堆积）为黄色
- Halogen Bond（卤键）为紫色
- Metal Coordination（金属配位键）为红色
-
鼠标点击/悬停卡片交互效果：
- 点击卡片显示结合位点的更详细信息
聚焦位置 - 卡片下方的选项可选择点击卡片时Mol查看器聚焦或选中结合位置
- 鼠标悬停在卡片上，模型中序列查看器中的对应位置将会高亮
信息卡片详情
Interface Visualization页面还有以下功能
- 顶部下载按钮下载该结合界面的所有相互作用的表格，以方便用户自行统计处理
- 底部可选择卡片排序方式
- 按选择的实体1的结合位置排序
- 按选择的实体2的结合位置排序
- 按相互作用类型排序
- 底部可选择页面中显示哪些相互作用