界面可视化¶

界面可视化旨在可视化指定实体之间的结合界面，突出显示每对相互作用残基之间的相互作用位点、类型和强度。

输入和参数¶

要使用此功能，请打开项目编辑器，并从“Utils（实用工具）”下拉菜单中选择“Interface Visualization（界面可视化）”。这将显示界面可视化的任务提交表单。

首先，您需要选择待可视化的结构文件。您可以：

点击“Select from project（从项目中选择）”，然后在弹出的对话框中选择项目中的结构文件。
点击“Select from Viewer（从结构查看器中选择）”，然后选择已在查看器中打开的结构文件。

然后，您需要选择要交界的两个实体（Entity）。每个实体可以包含一个或多个链。以 PDB 7SBU 为例，结构中有三个链：H、L 和 A。如果您想可视化 VH-VL 界面，可以将实体 1 和 2 分别选为 H 链和 L 链。如果您想可视化抗体-抗原界面，可以将实体 1 和 2 分别选为 HL 链和 A 链。

可选参数包括：

CDR 定义：用于定义 CDR 区域的编号方案。选项包括“Kabat”、“IMGT”、“Chothia”或“North”。在“抗体/TCR” 配色方案中，CDR 区域将被着上特殊的颜色。

链类型识别

GeoBiologics 会自动识别并标出结构中的 V-结构域，包括抗体重链（heavy）、抗体轻链（light）、TCR 重链（alpha）、TCR 轻链（beta）。

结果：界面查看器¶

您提交任务后，所选结构将立即在Mol* 查看器中打开并展示，显示所选实体之间的详细相互作用信息。 Mol* 查看器的右侧将出现一个“Interface Viewer（界面查看器）”面板，显示指定界面的详细相互作用信息。

结构对象¶

您可能会注意到，在提交任务后，结构查看器中的结构比默认结构更精细。这是因为您提交任务后，结构查看器中会创建额外的组件和表示，以更好地为您展示相互作用界面。

Interface Visualization Structure Objects — 任务提交后的结构对象面板

具体来说，假设您选择可视化 HL 链和 A 链之间的界面，则在提交任务后，以下组件和表示将出现在结构查看器中：

Polymer（聚合物）（组件）
- Cartoon（卡通）（表示）：默认的卡通表示，可展示聚合物骨架
- chain HL（组件）：实体 1 中的所有原子，在此例中为抗体
  - Interface with A（组件）：链 HL 与链 A 的界面，即抗体互补位
    - Ball & Stick（球棒）（表示）：显示抗体互补位原子为球棒模型
- chain A（组件）：实体 2 中的所有原子，在此例中为抗原
  - Interface with HL（组件）：链 A 与链 HL 的界面，即抗原表位
    - Ball & Stick（球棒）（表示）：显示抗原表位原子为球棒模型
- Interface HL-A（组件）：抗体与抗原的界面，即抗体互补位 + 抗原表位
  - Non-covalent Interactions（非共价相互作用）（表示）：显示抗体互补位和抗原表位之间的非共价相互作用

界面查看器¶

概览¶

界面查看器页面显示所选实体之间的相互作用列表。对于每个相互作用，显示以下信息：

两个相互作用残基的链 ID、残基 ID 和残基类型。例如，“A455 (L)”表示其中一个相互作用残基是位于链 A 上位置 455 的赖氨酸。
相互作用类型，由条目中间的文本表示，并由条目左侧的颜色表示。可能的相互作用类型包括：
- ■ 疏水相互作用
- ■ 氢键
- ■ 弱氢键
- ■ 离子键
- ■ 阳离子-π相互作用
- ■ π堆积
- ■ 卤素键
- ■ 金属配位键

点击页面右上角的按钮，可以以 CSV 格式导出完整的相互作用表格，以供进一步分析。

条目详情¶

您可以点击每个条目以查看有关相互作用的更多详细信息。点击条目后：

结构查看器将聚焦到相互作用残基或将相互作用残基设置为当前选择，具体取决于所选的“Click to ...（点击以）”选项。
相互作用表中的条目将展开并额外显示：
- 结合后残基表面积的百分比。例如，“71% buried（被埋藏）”。
- 相互作用残基的埋藏表面积，以平方埃为单位。例如，“(123 Å²)”。
- 两个残基的相互作用原子。例如，“CD2”。

将鼠标悬停在条目上会在结构查看器中高亮显示相互作用残基。将鼠标悬停在结构查看器中的相互作用残基上会使得界面查看器表格中的相应条目高亮显示。

页面选项¶

您可以通过更改页面底部的页面选项来修改页面显示和行为：

Click to（点击以）：选择点击相互作用条目时的行为。
- Focus（聚焦）：聚焦到相互作用残基。
- Select（选择）：将相互作用残基设置为当前选择。
Sort by（排序依据）：选择排序相互作用条目的标准。
- Position 1（位置 1）：按实体 1 的相互作用残基的链-残基 ID 排序。
- Position 2（位置 2）：按实体 2 的相互作用残基的链-残基 ID 排序。
- Interaction Type（相互作用类型）：按相互作用类型排序。
- Buried1（埋藏比1）：按实体 1 的相互作用残基的埋藏百分比排序。
- Buried2（埋藏比2）：按实体 2 的相互作用残基的埋藏百分比排序。
- dASA（埋藏表面积）：按每对相互作用残基的埋藏表面积排序。
Filter interactions（筛选相互作用）：选择页面上需要显示的相互作用。