用户界面¶
我们提供两个可以与 GeoBiologics 进行交互的主要界面。
项目编辑器¶
项目编辑器由以下几个面板组成：位于顶部的顶部导航栏，位于左上角的文件与任务管理器，位于中间的 Mol* 查看器或任务结果，以及位于右侧的任务提交表单。
文件与任务管理器¶
在“文件与任务”面板中，您可以查看项目的所有文件和任务。
按下文件/任务条目的“
”按钮，以重命名、复制名称、删除或下载文件/任务。
- 蛋白质结构文件（.pdb、.cif）的左边会显示“
”图标。左键单击结构文件以在Mol* 查看器中打开。 - FASTA 序列文件（.fasta）和 CSV 表格（.csv）的左边分别会显示“
”和“
”图标。左键单击文本文件以在纯文本查看器中打开。 - 图像文件（.png）的左边会显示“
”图标。左键单击图像文件以在图像查看器中打开。 - 展开/折叠的任务的左边分别会显示“
”或“
”图标。左键单击图标以展开或折叠它。左键单击任务以查看其任务结果。
如果您想要筛选文件和任务列表，请按下“
”按钮，并选择筛选条件。您可以通过任务类型筛选任务，并选择是否显示导入/上传的文件。点击“Clear”以取消所有筛选条件。
要向项目添加文件，只需将鼠标悬停在“
”按钮上，并从下拉菜单中选择要添加的文件的来源：
- Upload: 从本地计算机上传生物分子结构文件。
- Import from Cloud: 从 PDB / AlphaFoldDB 导入结构，输入 PDB ID 或 UniProt ID。
要向项目添加数据集，请单击“
”按钮。
要横向拓展此面板，请用鼠标左键按住面板右边界并向右拖动。
Mol* 查看器¶
Mol* 查看器是一个强大的展示生物分子结构的可视化软件。它由三个面板组成：序列查看器、结构查看器和结构对象面板。 您可以旋转、平移、放大/缩小，并选择原子、残基和链。您还可以更改结构的显示样式，如颜色、表示等。
关于如何使用 Mol* 查看器的详细教程，请参阅使用 Mol* 教程。
顶部导航栏¶
在“顶部导航栏”面板中，您可以轻松导航到任务提交表单，以开始设计、建模、表征或优化您的生物分子。
在右侧，您可以通过按下“
”按钮来打开通知弹出框，查看最新的消息。如果您需要帮助，您可以通过按下“
”按钮来打开本文档。如果您点击头像，您可以注销、导航到控制面板，或与我们分享您的反馈。
任务提交表单¶
通过填写任务提交表单，您可以轻松地提交一个任务。该表单分为以下三个部分：
-
任务介绍：将鼠标悬停在表单标题旁边的“
”图标上（表单标题即为任务类型），以查看任务的描述和所需的输入格式。请仔细阅读以避免错误。 -
任务输入：在这里，您可以设置任务的输入。在这个示例中，您可以在文本区域中输入序列，或者通过按下“
”按钮来上传FASTA文件。 -
任务参数：在这里，您可以设置任务的模型和参数。不同的模型可能有不同的参数。任务参数默认状态下不会显示，您需要点击页面下方的“Show Parameters”文本来展示它们。
您始终可以点击右上角的关闭图标“
”来关闭表单。这样可以为您提供更多的空间来查看 Mol* 查看器或任务结果。
在填写完表单后，输入一个名称来标记此任务，然后点击右下角的“提交”按钮来提交任务。 如果任务提交成功，屏幕顶部将显示“Job submission successful”的提示框。 如果任务提交失败，将显示带有错误消息的提示框。
当您成功创建任务后，一个新条目将被添加在文件与任务管理器中。
当任务处于等待或运行状态时，任务条目将显示一个旋转图标“
”。
任务结果¶
任务结果面板分为以下几个部分：
-
任务信息：任务类型、任务状态、运行时间和对应的项目名称。
-
输入与参数：任务的输入文件和参数。
-
结果表格：在任务完成后，您会看到一个任务结果的结果表格。您可以通过按下“
”按钮来下载结果。 -
反馈：通过提交反馈表单与我们分享关于任务结果的反馈。
控制面板¶
控制面板包括以下页面：项目页面，任务页面，文件页面，账户页面和支持页面。您可以通过单击左侧边栏中相应的项目来导航到这些页面。
要展开右侧的主页面，请按下“
”按钮，折叠导航侧栏。要恢复侧栏，请再次按下相同的按钮。
要注销您的账户，请将鼠标悬停在头像上，然后点击“登出”。
如果您有任何反馈意见，请将鼠标悬停在头像上，然后点击“分享您的反馈”。
项目页面¶
您可以在这个页面管理您的项目。
页面顶部有一个搜索栏，您可以通过名称、大小和上次修改日期来筛选您的项目。点击“重置”以重置筛选条件。点击“搜索”以启动搜索查询。在启动筛选搜索后，每个筛选条件都会显示一个蓝色标签，搜索结果将显示在下方。点击标签的“
”图标以删除筛选条件。
搜索结果包括显示项目名称、大小和上次修改时间的项目卡片。
点击项目卡片，您可以进入项目编辑器并开始设计/优化抗体。
将鼠标悬停在项目名称上，您将看到一个“
”图标。点击它以重命名项目。点击“
”按钮，以 .zip 文件格式下载项目中的所有文件。将鼠标悬停在“
”按钮上，您可以：
要执行批量操作，请按下“
”按钮，然后单击要选择的项目。然后，您可以通过按下“列出文件”、“列出任务”、“删除”或“下载”中的任一按钮，在选定的项目上执行批量操作。
要退出选择模式，请按下“
”按钮。
组织管理员的项目列表以表格的形式展示，表格内列出了组织内所有项目的名称、创建者（用户）、大小、创建日期和上次修改日期。 您可以通过点击项目名称进入每个项目。
任务页面¶
任务页面顶部有一个搜索栏，下方是一个任务表格。搜索栏允许您按名称、类型、状态、项目以及创建和上次修改日期来筛选任务。任务表格显示了您的任务的名称、类型、状态、项目、创建日期和上次修改日期。 您可以执行以下操作来管理您的任务：
-
查看：单击一个任务，查看其任务结果和/或提交反馈。
-
重命名：将鼠标悬停在任务名称上方，您将看到一个“
”图标。点击它以重命名任务。 -
下载：按下“
”按钮，以 .zip 文件格式下载任务输出中的所有文件。 -
删除：按下“
”按钮，以删除任务。
文件页面¶
文件页面顶部有一个搜索栏，下方是一个文件表格。搜索栏允许您按名称、大小、项目、来源以及创建和上次修改日期来筛选文件。文件表格显示了您的文件的名称、大小、项目、来源以及上次修改日期。 您可以执行以下操作来管理您的文件：
-
重命名：将鼠标悬停在文件名称上方，您将看到一个“
”图标。点击它以重命名文件。 -
下载：按下“
”按钮，以下载文件。 -
删除：按下“
”按钮，以删除文件。
文件的来源
文件的来源描述了它是如何被纳入项目中的。可能的值包括：
-
用户上传：当用户上传/保存文件时。
-
PDB / AF-DB：当文件从相应的云数据库导入时。
-
任务的名称：当文件是该任务的输出时。
账户/个人信息页面¶
账户/个人信息（Account/Profile）页面显示您的账户信息，并允许您管理账户设置。 您可以在这里更改您的用户名、组织、时区、电子邮件、电话号码和密码。 值得注意的是，时区设置将影响您在整个 GeoBiologics 中显示的时间。
您还可以通过点击“删除我的账户”来在这里删除您的账户。 一旦您完成删除过程，我们将立即删除您的所有项目，以及所有的工作历史、文件和通知。您将不再被收取费用。
账户/费用中心页面¶
账户/费用中心（Account/Billing）页面显示您的任务用量和账单信息。
在“仪表盘”（Dashboard）选项卡中，您可以查看过去一周/一个月或自定义时间范围内每种任务类型的任务用量。
在“账单历史”（Billing History）选项卡中，您可以查看您的完整计费历史，包括每次计费记录的计费项、套餐名称、任务名称和类型、任务所在项目、消费额、余额和计费时间。
管理员/用户管理页面¶
管理员/用户管理（Admin/Users）页面允许组织管理员管理您组织中的用户。 页面由顶部的搜索栏和下方的用户表格组成。搜索栏允许您按名称、电子邮件、电话号码、占用的储存空间、角色和激活状态来筛选用户。 用户表格显示了相应用户的用户名、激活状态（活跃 Active 或已注销 Disabled）、电子邮件、电话号码、所属组织、角色、项目数、任务数、占用的储存空间、最后一次登录的 IP 和时间，以及创建日期。
您可以执行以下操作来管理您的用户：
- 禁用（Disable）：对于状态为“活跃”的用户，您可以禁用他们，将其状态更改为“已禁用”。禁用的用户无法登录 GeoBiologics。如果用户离开您的组织，我们建议您禁用他/她的账户。禁用的用户的文件对组织管理员仍然可见。
- 配置角色（Config Role）：您可以将用户的角色配置为“普通用户”或“组织管理员”。
- 详情（Detail）：在这里，您可以查看用户的详细用量，包括创建的项目数、提交的任务数、使用的储存空间，以及每种任务类型的用量。
- 删除（Delete）：点击“Del”以删除相应的用户。这将删除用户的所有项目、任务和文件，请您谨慎操作。
您可以通过点击“
”按钮来添加新用户到您的组织。
在弹出窗口中，请填写新用户的用户名、电子邮件、电话号码和初始密码，然后点击“创建用户”来创建用户。
管理员/组织管理页面¶
管理员/组织管理（Admin/Organizations）页面允许组织管理员管理您的组织信息和套餐用量。
在“组织信息”（Organization Detail）页面中，您可以查看您的组织名称、描述、激活状态，并且在套餐表格中，您可以查看您的组织的所有套餐，包括每个套餐的名称、状态、下单日期、生效日期和到期日期。
在套餐表格中点击“Detail”可以进入套餐详情页面，您可以在此查看：
- Plan Info（套餐信息）：套餐的名称、生效日期和到期日期。
- Plan Content（套餐内容）：套餐中各限制项的详细信息。
- Compute（计算资源）：规定了您可使用的云端计算单元数
- Storage quota（存储空间）：规定了您可使用的云端存储空间
- Max # Projects（最大项目数）：规定了您可创建的项目总数
- Max # Jobs（最大任务数）：规定了您可提交的任务总数
- Max # Running Jobs（最大同时运行任务数）：规定了您可同时运行的最大任务数
- Max # Users（最大用户数）：规定了您可添加到组织中的用户总数
- Plan Usage（套餐用量）：过去一周/一个月或自定义时间范围内您的组织对算力资源的使用量和每种任务的调用次数。
在“组织信息”（Organization Detail）页面中点击Billing History（账单历史）后的“View”，将打开“账单历史”页面，您可以在此查看您的组织的完整计费历史，包括每次计费记录的计费项、套餐名称、用户和组织、任务名称和类型、任务所在项目、消费额、余额和计费时间。
支持页面¶
支持“页面”实际上是一个单独的网站，托管了 GeoBiologics 的文档和教程。
您可以通过使用导航菜单轻松浏览支持站点。如果屏幕宽度超过 1220 像素，则菜单会显示在屏幕左侧；否则，您可以通过按顶部左上角的“”图标打开它。
对于每个页面，如果您的屏幕宽度超过 960 像素，您可以在右侧看到一个目录侧边栏，它可以让您快速导航到特定的部分。
在右上角和导航头部，您应该会看到三个按钮：“”用于切换浅色和深色模式，“”用于在英文和中文之间切换，以及 “”用于搜索支持站点。